膜污染是一个十分棘手的问题，它不但会造成系统的产水量降低，脱盐率下降，同时会增加系统操作压力，间接造成运行成本增加。常见的膜污染物包括有机物/胶体污染，微生物污染，无机结垢污染等。通过目测膜元件的外观和称重可以得出有关污堵或结垢故障的信息，以下为如何快速判断污染物类型，以便选择合适的解决方案。
（1）有机物/胶体污染
进水中有机物吸附在元件膜表面，会造成通量的损失，常发生在系统第一段，造成产水量下降，一段压差增加，打开一段膜壳进水侧，会发现膜元件端面有粘稠状污染物。适配器表面有机物/胶体.
2）微生物污染
常发生在系统第一段，造成产水量下降，脱盐率下降，一段压差增加，打开一段膜壳进水侧检查，会发现粘稠状污染物，并伴有腥臭味。生物污堵严重时会引起膜系统前段压降的显著增加，对进水水流产生极高的阻力，容易造成膜元件进水端产生望远镜现象，而在浓水端发生格网冲出现象。
端面微生物污染
膜元件高压差致使格网冲出
当聚合有机阻垢剂与多价阳离子如铝或残留聚合阳离子絮凝剂相遇时，将会形成胶状沉淀，严重污染前段的膜元件。常发生在系统第一段，造成产水量下降，一段压差增加，对于聚铝类污染，保安过滤器滤芯以及膜端面上会存在黄色。
（4）无机垢类污染
结垢是微溶或难溶盐类的沉淀或沉积的水化学问题，一般出现在未设置恰当的预处理而且回收率偏高的系统。
结垢常发生在系统的最后一段，造成压差增加，产水量下降。打开二段膜壳会发现有大量结晶物沉积在膜壳适配器以及膜元件上。
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